HNB provodi pet razina kontrola ulaznih podataka za izračun NRS-a u više iteracija, a te su kontrole detaljnije opisane u Metodologiji izračuna NRS-a. Na taj način HNB osigurava da u izračun NRS-a uđu svi podaci koji su relevantni za točnu kvantifikaciju prosječnih troškova izvora sredstava hrvatskoga bankovnog sektora te da istodobno u taj izračun ne uđu podaci koji su nepouzdani ili bi mogli iskriviti tu kvantifikaciju.

Nadalje, HNB ima ustrojene interne procedure za procjenu i sprječavanje sukoba interesa koji bi se mogao pojaviti kod zaposlenika HNB-a povezanih s izračunom NRS-a. Takav potencijalni sukob interesa predmet je kontinuirane procjene u skladu s Etičkim kodeksom zaposlenika HNB-a.

Naposljetku, postupci kontrole podataka na osnovi kojih se izračunava NRS kao i sam postupak izračuna NRS-a predmet su revizije Ureda unutarnje revizije HNB-a, kako bi se osigurala njihova usklađenost s najboljim svjetskim praksama.