S domaćim i inozemnim nadzornim tijelima ima sklopljene sporazume ili memorandume o razumijevanju, suradnji i razmjeni informacija.
Početkom 2019. HNB je sklopio s Europskom središnjom bankom (ESB) multilateralni sporazum o praktičnim modalitetima za razmjenu informacija u skladu s člankom 57a (2) Direktive (EU) 2015/849.
Preko Međuinstitucionalne radne skupine za sprječavanje pranja novca i financiranja terorizma i njezinih podskupina surađuje s drugim tijelima sustava.
HNB je aktivna u edukaciji obveznika koje nadzire u suradnji s HGK-om ili HUB-om, bilo da se radi o održavanju seminara, radu radnih grupa ili tumačenju pojedinačnih pitanja iz ovog područja.
S domaćim tijelima HNB surađuje na temelju Sporazuma o suradnji i razmjenjivanju informacija u području sprječavanja i otkrivanja pranja novca i sprječavanja financiranja terorizma s Ministarstvom financija RH, s kojim ima sklopljen i Sporazum o razmjenjivanju informacija i suradnji na području nadzora nad provedbom Zakona o sprječavanju pranja novca i financiranja terorizma s Ministarstvom financija RH – 2015. Zbog široke lepeze usluga koje banke mogu pružati svojim strankama HNB ima i Sporazum o suradnji s Hrvatskom agencijom za nadzor financijskih usluga, kojim je uređena međusobna suradnja u nadzoru takvih institucija. Hrvatska agencija za nadzor financijskih usluga (Hanfa) i HNB surađuju i usklađuju svoje aktivnosti preko Operativnog odbora za nadzor financijskog sustava. Osim u nadzoru suradnja se očituje i u kontinuiranoj razmjeni informacija o pojedinim predmetima, pri izdavanju odobrenja i suglasnosti te u iniciranju i donošenju zakonskih propisa. Za rješavanje određenih otvorenih pitanja formiraju se i ad hoc radne skupine sa zadaćom da predstavnici obiju institucija zajednički pronađu moguća rješenja te predlože ono koje bi bilo optimalno.
S drugim tijelima iz sustava HNB također surađuje posredovanjem Međuinstitucionalne radne skupine za sprječavanje pranja novca i financiranja terorizma (MIRS), a na temelju potpisanog Protokola o suradnji i uspostavi Međuinstitucionalne radne skupine za sprječavanje pranja novca i financiranja terorizma. MIRS čine predstavnici Ministarstva pravosuđa, Državnog odvjetništva, Ministarstva unutarnjih poslova, Ministarstva financija – Carinske uprave, Porezne uprave, Financijskog inspektorata i Ureda za sprječavanje pranja novca, Hrvatske agencije za nadzor financijskih usluga, Sigurnosno-obavještajne agencije, Ministarstva vanjskih i europskih poslova i HNB-a. MIRS koordinira provođenje mjera i izvještavanje o provedbi Akcijskog plana za suzbijanje pranja novca i financiranja terorizma, koordinira pripremu obrane izvješća za MONEYVAL, unapređuje suradnju među institucijama u ovom području te predlaže poboljšanja zakonske regulative, provedbenih propisa, smjernica i drugo.
S inozemnim institucijama Hrvatska narodna banka surađuje na temelju sklopljenih sporazuma i memoranduma o razumijevanju i suradnji.
U koordinaciji s Ministarstvom vanjskih i europskih poslova djelatnici HNB-a sudjeluju u radu Nacionalnog povjerenstva za prevenciju i suzbijanje terorizma te u Stalnoj skupini za primjenu i praćenje provedbe međunarodnih mjera ograničavanja.
Povjerenstvo je osnovano Odlukom Vlade RH u srpnju 2014. Članovi su predstavnici sljedećih tijela: Ministarstva vanjskih i europskih poslova, Ministarstva unutarnjih poslova, Ministarstva financija, Ministarstva obrane, Ministarstva pravosuđa, Ministarstva gospodarstva, Ministarstva pomorstva, prometa i infrastrukture, Ureda Predsjednika Republike Hrvatske, Ureda Vijeća za nacionalnu sigurnost, Ureda za ljudska prava i prava nacionalnih manjina, Sigurnosno-obavještajne agencije, Vojne sigurnosno-obavještajne agencije, Državnog odvjetništva Republike Hrvatske, Državne uprave za zaštitu i spašavanje i HNB-a. Zadaće su Povjerenstva koordiniranje aktivnosti provedbe Nacionalne strategije za prevenciju i suzbijanje terorizma i njezina Akcijskog plana, koordiniranje aktivnosti i smjernica međunarodnih protuterorističkih inicijativa, praćenje provedbe navedenih mjera te pripremanje izvješća i stajališta Republike Hrvatske za potrebe međunarodne protuterorističke suradnje.
Stalnu skupina za primjenu i praćenje provedbe međunarodnih mjera ograničavanja, čiji je član i HNB, osnovala je Vlada RH na temelju članka 5. Zakona o međunarodnim mjerama ograničavanja. Stalna skupina može obrađivati podatke iz Zbirke podataka o provedenim mjerama ograničavanja, predlagati Vladi Republike Hrvatske uvođenje mjera ograničavanja u odnosu na određene fizičke i pravne osobe i druge subjekte, koordinirati provedbu međunarodnih mjera ograničavanja u skladu s ovlastima resornih tijela te razmjenjivati i analizirati informacije u okviru suradnje s drugim tijelima u zemlji i inozemstvu.